Водяника Чёрная - стелющийся вечнозелёный кустарничек, высота которого редко превышает 20 см, а длина побегов может достигать 100 см. Растёт пятнами - куртинами, каждая из которых представляет собой единую особь.
Стебель тёмно-бурого цвета, плотно покрыт листьями, в молодом возрасте покрыт коричневатыми волосками; сильно ветвится, при этом ветви образуют придаточные корни. Куртина постепенно занимает всё больше и больше пространства, в то время как в её центре ветви постепенно отмирают. Ветви железистые или голые, зелёного, коричневого или красноватого цвета. Ветви длиной до 1 м большей частью скрыты в моховой подушке, покрыты точечными желёзками белого или янтарного цвета.
Листья простые, очерёдные, кожистые, мелкие, с очень короткими черешками, узкоэллиптические, длиной 3-10 мм. Края листа загнуты вниз и почти сомкнуты, из-за этого листья похожи на хвоинки, а само растение - на карликовую ёлочку. Каждый лист держится на ветви до пяти лет.
Плод - чёрная (с сизым налётом) или красная непрозрачная ягода-костянка диаметром до 5 мм с жёсткой кожицей и твёрдыми светло-коричневыми семенами, внешне похожая на ягоду черники. В одной ягоде содержится от 6 до 9 твердых косточек. Вкус ягод кисловатый, они содержат много сока, который способен заменять воду. Созревает в августе. Сок имеет пурпурный цвет. Ягоды остаются на побегах до весны.